let him walk

彼を野放しにする / 自由にさせる

このフレーズは、通常、警察や法制度が誰かを逮捕しない、起訴しない、または釈放することを指します。ここでは、ジェイクがポドルスキーの息子を「見逃す」選択をすれば、ホルトから「罰」を受けるだろうという意味です。