where are we with

（進捗が）どうなっているか、（事態が）どうなっているか

これは、何かの進捗状況を尋ねる際によく使われる口語表現で、`How are we doing with...?` と同じ意味です。ここでは、ホルト署長が麻薬捜査の最新状況を尋ねています。